Построен на средства купца А.П. Березина. Это самая старая каменная постройка Мышкина. Перестроен в середине XIX в., архитектор Паньков.
В 1860-е гг. пристроена колокольня, архитектор Лузин П. Е.
В советское время здание использовалось как Дом культуры, колокольня снесена.
В 2003 году собор передан РПЦ.