Первоначальная постройка датируется XII веком, предполагается участие в её возведении византийских мастеров.
В 1619-1832 гг. в распоряжении униатской общины; серьёзно повреждена шведскими войсками в ходе Северной войны, в 1714 г. восстановлена, в 1759 г. перестроена в формах барокко с новым фасадом, фланкированным парными колокольнями.
В 1832 г. возвращена православным с последующей частичной перестройкой.
В 1930 г. закрыта, приспособлена под архив. В годы Великой Отечественной войны пострадала от пожара, частично разрушена.
В 1953 г. взята на государственную охрану, но в 1961 г. инициирован снос для расчистки места под нужды городского транспорта. В итоге от здания сохранились фундаменты и кладка стен на высоту до 5 м.
В 1968-1977 гг. работы по обследованию и консервации руин.
В 1993-1996 гг. отстроена заново в гипотетических формах XII века по проекту архитектора Г. А. Лаврецкого с использованием сохранившихся конструкций аутентичного здания.