Строительство мечети началось в 1597 г. по приказу Сафийе Султан, жены султана Мурада III в еврейском квартале у Эминёню. В комплексе зданий предусмотрены приют и столовая для бедных; после смерти Мехмеда III и ссылки Сафие-султан в Старый дворец, строительство прекратилось на уровне окон, здание осталось недостроенным. Султан Ахмед I не заинтересовался проектом, и строительство было заброшено, недострой стал превращаться в руины и сильно пострадал при пожаре в 1660 г. Главный архитектор Османской империи Мустафа Ага предложил Турхан Султан, матери султана Мехмеда IV, завершить проект и строительство было завершено в 1665 г.
Мечеть сооружена по приказу султана Сулеймана Великолепного архитектором Синаном в 1550—1557 гг. Построена на месте старого османского дворца (Эски Сарай).
Высота купола 53 метра, диаметр 27,5 метров. В куполе имеется 32 окна. Мечеть пострадала от пожара 1660 года, часть купола обвалилась при землетрясении 1766 г.
Во время Первой мировой войны внутренний двор использовался как склад оружия, и когда часть боеприпасов загорелась, в мечети произошел еще один пожар. Только в 1956 г. полностью восстановлена. Мечеть была снова отреставрирована в период с 2007 по 2010 гг.
Объект Всемирного наследия ЮНЕСКО.