Новый порт Палдиски использовался советскими военными до 1994 года, а его причал предназначался для обслуживания подводных лодок. Палдиски Лыунасадам был основан в составе Таллиннского порта после ухода Советской армии.
Генеральный план Палдиски Лыунасадама, организация дорожного движения, технические сети, автомобильные и железные дороги с железной дорогой, соединяющей станцию ​​Палдиски, были разработаны Tööstusprojekt (ETP Grupp) в 1996–2004 годах. Юло Амор, Эдуард Евстифеев, Райво Саукс, Татьяна Сыссоева, Анри Тоом и Анру Торим участвовали в подготовке проектов. Руководителем проекта был Антс Якобсон.