Проект здания разработан институтом Ленгипроречтранс под руководством архитектора Садовского Т. П. как 1-я очередь комплекса зданий вокзала (собственно вокзал). Помимо пассажирских и технологических помещений включает комплекс помещений бытового обслуживания и гостиницу, а так же базу снабжения судов и кинозал (северный объём).
Комплекс Речного вокзала строился и сдавался очередями.
1-я очередь (причалы для дальнего сообщения и туристических рейсов, а также здание, объединившее собственно вокзал и кинотеатр «Парус», строилась с начала 1970-х, торжественно открыта 25 июня 1976 года.
2-я очередь (причалы пригородного и местного сообщения, здание ресторана с эспланадами и часовая башня) сданы к празднованию 975-летию Ярославля, отмечавшемуся в конце мая 1985 года. В настоящее время часть помещений в аренде у коммерческих организаций.
За архитектуру комплекса зданий вокзала авторский коллектив во главе с архитектором Садовским удостоен Государственной премии РСФСР в 1986 г.