Здание изначально построено как жилое, здесь размещались квартиры кадрового батальона лейб-гвардии Резервного пехотного полка и крепостного гарнизона. Ныне находится в ведении Монетного двора.
Здание строилось как укрытие для ботика Петра I. В настоящее время в павильоне Ботного дома устраиваются выставки, а сам ботик находится в Центральном Военно-морском музее. В Ботном доме находится копия судна в 1/10 натуральной величины.