Храм возведён в память о трагической гибели императора Александра II.
Использовался как культовый объект до 1930 г.
В советские годы в здании храма находился склад декораций Малого оперного театра.
В 1971 г. передан на баланс музея "Исаакиевский собор".
Ныне является действующим православным храмом, а также открыт для посетителей в качестве музея. Внесён в Список объектов культурного наследия как памятник архитектуры федерального значения.