Мечеть Омара расположена напротив храма Гроба Господня, с северной стороны площади перед главным входом в храм.
После Осады Иерусалима армией рашидов под командованием Абу Убайды ибн аль-Джарры, Софроний Иерусалимский отказался сдаться всем, кроме халифа Омара. Омар поехал в Иерусалим и принял сдачу. Он тогда посетил Храм гроба Господня, куда Софроний Иерусалимский пригласил его помолиться, но он мусульманин и не мог это сделать в христианском храме. Вместо этого он молился снаружи во внутреннем дворе. Мечеть Омара была построена в её текущей форме Султаном Айюбидом султаном аль-Афдалом бин Саладином в 1189 году. У мечети есть минарет 15 метров высотой, который был построен до 1465 и был отремонтирован султаном Абдул Хамидом II (1839—1860)