Каменная церковь возведена в 1292—1294 гг. К концу XVII в. стены каменной церкви сохранились лишь наполовину. В 1682 г. они были достроены, на них возведены своды и пять куполов. В XVI в. церковь имела два придела — Фёдора Тирона и священномученика Игнатия, а в 1710 г. в подцерковье упоминается придел Знамения Божьей Матери. В 1804 г. с запада была выстроена квадратная в плане четырёхъярусная колокольня с восьмигранным куполом.
Закрыта в 1938 г., незначительно пострадало во время Великой Отечественной войны и в послевоенные годы использовалось как склад. В 1974 г. новгородская археологическая экспедиция провела исследовательские работы.
В 1990-е гг. отремонтирована на средства государства и передана верующим. С 2002 г. является действующим приходом Новгородской епархии.
Объект культурного наследия России федерального значения рег. № 531510269760006. Объект всемирного наследия.