Основание церкви связано с обретением неподалеку от этого места иконы Казанской Божией Матери (Богородско-Уфимская икона Божией Матери) в 1621—1622 гг.
В 1725-27 гг. на месте прежнего деревянного был построен новый деревянный же храм, который сгорел во время пожара 9 мая 1873 г.
Новый кирпичный трёхпрестольный храм на месте сгоревшего был построен подрядчиком С. М. Ларионовым довольно скоро и уже в 1877 г. был освящён.
В 1933 г. церковь закрыли и вскоре обезобразили: храм лишился пятиглавия и красавицы-колокольни. Длительное время здание использовалось под школу для умственно-отсталых детей.
Здание было возвращено Русской православной церкви в августе 1990 г. только благодаря вмешательству Б. Н. Ельцина.
В 1990—1997 гг. проведена первая реставрация, в 2007—2010 гг. — вторая реставрация.
В процессе восстановительных работ был сформирован историко-архитектурный ансамбль храма, в который вошли:
Князь-Владимирская церковь с баптистерием (1993)
Крестово-Погребальная часовня в память жертв сталинских репрессий политических (1991)
Ильинская часовня(1991)
Богородская накладезная над святым родником (1993)
Богородский некрополь, расположенный на месте разрушенного в 30—50‑е гг. 20 века кладбища. В некрополе находятся могилы князя М.Е.Уракова, генерал‑лейтенанта Е.И.Гладышева, известных людей Уфимской губернии.
Ufa Datum: 27. April 2018